بر اساس اعلام مرکز رسانه قوه قضاییه جمهوری اسلامی، حکم اعدام امیرعلی میرجعفری بامداد روز سهشنبه ۱ اردیبهشت ۱۴۰۵ و پس از تائید در دیوان عالی کشور اجرا شده است.
بهگفته قوه قضاییه، او در ارتباط با پرونده آتشسوزی مسجد جامع قلهک با اتهامهایی از جمله «همکاری با موساد» و مشارکت در اقدامات «ضد امنیتی» مواجه بوده است. در گزارش منتشرشده همچنین آمده که میرجعفری در اظهارات خود به حضور در اعتراضات ۱۸ دی ۱۴۰۴ اشاره کرده است.
همزمان، مرکز رسانه قوه قضاییه اعلام کرده است که در پروندههایی جداگانه در دو استان، ۲۲ نفر دیگر نیز با اتهام «همکاری با دشمن» به احکام حبس محکوم شدهاند.